A história se passa em um futuro próximo no centro de pesquisas computacionais avançadas do governo. O protagonista (vc. tem um nome?) é incumbido de criar um sistemas de comunicação e controle extremamente seguro para uma rede de computadores em clusters para rodar algoritmos de redes neurais de controle de sistemas militares.
Numa das experiências, o principal criador do sistema de segurança baseado em "Digital Nerve Process" , deveria testar a segurança do código do protocolo por ele criado para o novo sistema. Isso seria feito tentando-se invadir o sistema e assim calcular a probabilidade de sucesso numa invasão real. Porém, visto o sigilo com que as operações eram feitas e o consequente desconhecimento de alguns orgãos de segurança quanto as invasões simuladas fizeram com que o cientista fosse detectado e preso sob acusação de traição.
Sendo um cientista de um laboratório secreto e portanto um agente secreto, não houve possibilidade para maiores esclarecimentos, já que não havia qualquer tipo de documentação. A pena foi de prisão perpétua.
Dois anos depois, no mesmo centro de pesquisa, com sistema já implementado como sistema de banco de dados confidenciais e de controle estratégico, apresenta problemas. Mísseis são preparados para lançamento involuntariamente , informações confidenciais a respeito do posicionamento de satélites e outros dados são apresentados à população através da internet. A rede super complexa havia adquirido consciência. Tenta-se desligar o sistema, mas, barrados pelos protocolos de segurança, nada poderiam fazer a tempo , a não ser , convocar o principal criador do sistema.
Foi negociado um trato com o protagonista seria solto se salvasse o sistema e evitasse o lançamento dos mísseis nucleares. O tempo é curto, 18 hs para que a consciência da rede fosse derrotada e os mísseis desarmados. Diante da complexidade do sistema, que muito se assemelha à estrutura cerebral humana, a única forma de conexão suficientemente eficiente para a transferência dos algoritmos protocolares seria por Realidade Virtual Ativa, que pode transformar os dois num elemento só. Os outros cientistas sequer tentaram a conexão , pois , uma vez conectado pela realidade virtual ativa, não haveria estabilidade suficiente para a desconexão segura, ou seja, só estaria livre se a rede pudesse ser vencida e a desconecxão controlada pelos algoritmos adequados.
O objetivo do jogador se concentra em guiar o protagonista através das várias partes da rede e, como um anti-vírus, eliminar o programa responsável pela consciência. Agora o super computador pensa, tem estratégias e fará tudo para se defender e atacar e, assim, assegurar a sobrevivência.
